Per meglio far comprendere le similarità e le differenze tra la struttura dei vari ecosistemi vengono ora qui brevemente descritti un esempio di ecosistema acquatico e uno di ecosistema terrestre.
Lo stagno è un esempio un po' abusato nei testi di ecologia e tuttavia è pur sempre didatticamente efficace. Malgrado la sua complessità e la variabilità delle caratteristiche fisiche e geografiche, si possono distinguere alcuni elementi fondamentali dello stagno che non cambiano da caso a caso
La Fig. 2 illustra graficamente la struttura dello stagno come ecosistema. È da notare che al di sotto di una certa quota l'intensità luminosa e assai bassa e la fotosintesi non può avvenire. Perciò il fitoplancton, principale produttore primario, si concentra soprattutto vicino alla superficie. Infatti, misurando l'ossigeno disciolto ci si accorge che lo strato più alto di uno stagno è ossigenato, mentre non lo è lo strato più profondo. Esiste un livello dove la produzione di ossigeno, dovuta alla fotosintesi, uguaglia il consumo di ossigeno, dovuto alla respirazione. Tale livello divide convenzionalmente la zona cosiddetta autotrofa, perché ospita principalmente produttori primari, da quella detta eterotrofa.
La Fig. 3 mostra in maniera pittorica e a grandi linee la struttura ecologica di una foresta della zona temperata. La principale differenza con lo stagno è la presenza di autotrofi di grandi dimensioni (alberi), che, essendo immersi nell'aria invece che nell'acqua, hanno bisogno di tessuti di sostegno ad alto contenuto di cellulosa e lignina. Ne viene che la pioggia di detrito, invece di essere costituita di particelle piccole e facilmente decomponibili, consiste di materiale (foglie, pezzi di legno) che richiede tempi lunghi per la decomposizione, nonostante che l'humus, che è l'analogo del fondo dello stagno, risulti particolarmente ricco di detritivori e decompositori. La quantità di materiale organico che è concentrato nelle piante verdi è, in proporzione, molto più alta nella foresta che nello stagno. Tuttavia buona parte di questo materiale, per l'appunto quello di sostegno, è inattaccabile o quasi dalla maggioranza dei consumatori. Anche qui si può distinguere tra una zona alta dove prevale la fotosintesi (fascia verde) e una zona bassa dove prevale la respirazione (fascia bruna), ma l'ossigeno è liberamente disponibile in quantità praticamente illimitate e la sua concentrazione non dipende dall'attività fotosintetica locale.